Pozyskiwanie biomasy energetycznej potęguje presję, jaką wywiera gospodarka leśna na ekosystemy leśne.

Pozyskiwanie pierwotnej biomasy leśnej ma z reguły negatywny wpływ na przyrodę lasu. Zaburza ono integralność ekosystemów leśnych, negatywnie wpływa na ich różnorodność biologiczną i przeważnie prowadzi do degradacji ich zdrowia ekologicznego.

Na potrzeby produkcji biomasy często usuwa się odpady po pracach leśnych i wielkowymiarowe drewno poklęskowe, które pozostawione na miejscu zasiliłyby zasoby martwego drewna – ważnego elementu zdrowia ekosystemów leśnych i niezbędnego czynnika zapewniającego ich wysoką bioróżnorodność.

Od 20 do 40% gatunków leśnych wymaga na którymś etapie swojego życia obecności rozkładającego się drewna.

Las bogaty w martwe drewno tworzy sprzyjające środowisko dla gatunków saproksyliocznych i gatunków z nimi związanych. Stojące i przewrócone drzewa są niezbędnym elementem ekosystemu dla wielu gatunków organizmów objętych ochroną gatunkową i siedliskową. Zapewniają m.in. schronienie i bazę żerową dla dziuplaków takich jak chroniona sóweczka (Glaucidium passerinum), dzięcioł trójpalczasty (Picoides tridactylus), tworzą krajobraz sprzyjający skutecznemu polowaniu dla dużych drapieżników: ryś (Lynx lynx) i wilk (Canis lupus),są miejscem bytowania zagrożonych gatunków chrząszczy saproksylicznych np. ponurka schneidera (Boros schneideri).

Zasobność polskich lasów w martwe drewno jest dwukrotnie niższa (5 m3/ha) niż średnia ogólna pozostałych krajów Unii Europejskiej (10 m3/ha). Powodem tego jest niepozostawianie odpowiedniej ilości martwych i uszkodzonych drzew, oraz ich szczątków, podczas prowadzenia wycinek i cięć pielęgnacyjnych.

W polskim leśnictwie brakuje przepisów i wytycznych do zarządzania ilością martwego drewna w drzewostanach, przez co w lasach gospodarczych ilość martwego drewna jest znacznie niższa niż w lasach chronionych, w których dba się o zapewnienie jego odpowiedniej ilości.

Prężnie rozwijający się sektor polskiej bioenergii będzie potrzebował zwiększonej ilości dostaw biomasy drzewnej. Przewidujemy, że wzrost zapotrzebowania na biomasę drzewną będzie skutkował wzmożoną presją leśnictwa na polskie lasy i może prowadzić do uszczuplania zasobów martwego drewna.